¡Se han producido desastres naturales en el mundo Pokémon! Y si eso no es un dilema suficiente, ¡te despertaste un día para descubrir que te has transformado misteriosamente en un Pokémon! Después de formar equipo con otro Pokémon, ustedes dos deciden formar un equipo de rescate y salvar a otros Pokémon que están en problemas y necesitan ayuda. Pokémon Mystery Dungeon: Blue Rescue Team es una versión con temática de Pokémon de una serie de juegos llamada Fushigi no Dungeon , o Mystery Dungeon en inglés. El concepto básico de cada uno de estos juegos es que debes viajar a través de una serie de mazmorras generadas aleatoriamente, luchando contra enemigos y recolectando objetos mientras te abres camino hasta llegar a un piso específico en la mazmorra. Mazmorra misteriosa de Pokémonaplica varios aspectos del Universo Pokémon a la serie Mystery Dungeon. Puedes subir de nivel a tus personajes, hacer que otros Pokémon (hasta un máximo de seis personajes en tu grupo) se unan a ti, subir de nivel, evolucionar y aprender nuevos ataques y habilidades. No controla directamente a otros miembros de su equipo; están controlados por la IA, pero puedes enviarles comandos específicos como "sígueme", "evita el primer ataque" y "ataca a los enemigos". Otro objetivo del juego es recolectar todos los diferentes tipos de Pokémon reclutándolos como miembros de tu equipo de rescate. Pokémon Mystery Dungeon también puede comunicarse con otras copias de Blue Rescue Team y Red Rescue Team. Puede optar por rescatar a un amigo que se ha quedado varado mientras realiza una misión de rescate propia, o puede intercambiar artículos con él.